佐世保の戦国時代は大きく2つの時代に分けられます。
前期は元々佐世保地方に本拠地を置いていた相神浦松浦家と平戸に本拠地をおく平戸松浦家との対立の時代。
そして後期は平戸松浦家による佐世保地方制圧後の隣国との攻防の時代です。

平安時代から戦国時代にかけて肥前松浦地方で組織された武士団の連合体をまとめて松浦党という言い方をします。
相神浦松浦家と平戸松浦家も元々はその松浦党というグループの一員でしたが、いつの日からか、各地へ分散していった家柄の一つで一般的に相神浦松浦家が松浦党の本家筋だといわれています。
こういった松浦党から分裂していった家柄は他にもいくつかあって、最終的に平戸松浦家のみが生き残り、壱岐から長崎県北のすべてを収める大名として江戸時代を迎えることになりました。